Programme
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événement |
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13:00 - 13:30
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Accueil tutoriels - Accueil des tutoriels |
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13:30 - 16:30
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Tutoriels - - Introduction à RCpp (Romain François)
- Introduction à la programmation orientée objet (Christophe Genolini)
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17:00 - 19:30
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Table ronde - Utilisation du R dans le monde industriel |
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19:30 - 21:00
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Pot d'accueil - Pot d'accueil |
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événement |
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08:00 - 09:00
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Accueil - Accueil des participants avec café de bienvenu |
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09:00 - 09:45
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R, Data Science... et Formation - Erwann Le Pennec |
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09:45 - 10:45
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Visualisation |
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| 09:45 - 10:05 |
› Graphiques interactifs en analyse de données avec Factoshiny - François Husson, Laboratoire de Mathématiques Appliquées - Agrocampus Rennes |
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| 10:05 - 10:25 |
› visNetwork : création et visualisation intéractives de réseaux - Benoit Thieurmel, DataKnowledge |
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| 10:25 - 10:45 |
› Classification et visualisation de graphes avec SOMbrero - Madalina Olteanu, SAMM (Statistique, Analyse et Modélisation Multidisciplinaire), EA4543 |
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10:45 - 11:15
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Pause café |
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11:15 - 12:15
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Application |
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| 11:15 - 11:35 |
› Un package R pour modéliser la survie en tenant compte des effets centres et des risques compétitifs - Marie DE ANTONIO, Centre de Recherche des Cordeliers |
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| 11:35 - 11:55 |
› Une étude de cas en biomécanique avec la fonction lme de R pour modéliser des structures complexes d'effets aléatoires et de matrice de variance-covariance des erreurs - Frédérique Letué, Laboratoire Jean Kuntzmann |
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| 11:55 - 12:15 |
› A General Method to map Single-cell Probabilistic Trait Loci of the Genome - Florent Chuffart, Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule |
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11:15 - 12:15
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Modélisation |
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| 11:15 - 11:35 |
› An extension to generalized pairwise comparisons for prioritized outcomes with censoring - Julien Péron, Hospices Civils de Lyon / Centre hospitalier Lyon Sud, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive |
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| 11:35 - 11:55 |
› abc : un paquetage R pour le calcul bayésien approché - Michael Gb Blum, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble |
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| 11:55 - 12:15 |
› ibr: un paquet R pour la réduction itérative de biais - Eric Matzner-Lober, Laboratoire de Mathématiques Appliquées - Agrocampus Rennes - Pierre-André Cornillon, Département MASS |
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12:15 - 14:00
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Déjeuner |
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14:00 - 14:45
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Statistique spatiale - Thibaut Laurent |
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14:45 - 15:45
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Lightning talk |
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| 14:45 - 15:45 |
› Compétitions d'apprentissage automatique avec le package rchallenge - robin genuer, Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement, SISTM |
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| 14:45 - 15:45 |
› Datacamp : Apprendre R, en faisant du R, dans R...et en français. - Vincent Guyader, ThinkR |
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| 14:45 - 15:45 |
› FreeSortR : un package pour l'analyse de données de tri libre. - Philippe Courcoux, Unité de Sensométrie et Chimiométrie |
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| 14:45 - 15:45 |
› L'histoire en miettes : analyse de graphes avec R pour l'étude de la fragmentation des objets archéologiques - Sébastien Plutniak, Centre d'étude des rationalités et des savoirs – équipe du LISST |
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| 14:45 - 15:45 |
› Modèles de mutations : étude probabiliste et estimation paramétrique - Adrien MAZOYER, Laboratoire Jean Kuntzmann |
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| 14:45 - 15:45 |
› SARTools : un pipeline complet pour l'analyse différentielle de données RNA-Seq - Hugo Varet, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative |
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| 14:45 - 15:45 |
› Validation de données en phénotypage végétal - Antoine Schorgen, INRA |
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15:45 - 16:15
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Pause café |
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16:15 - 17:15
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Classification |
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| 16:15 - 16:35 |
› Clustering divisif monothétique. La package divclust - Marie Chavent, CQFD |
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| 16:35 - 16:55 |
› Classification de variables avec possibilité de mettre à l'écart des variables atypiques ou de bruit. Implémentation dans le package ClustVarLV. - Evelyne Vigneau, Oniris, Unité de Sensométrie et Chimiométrie |
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| 16:55 - 17:15 |
› Etude de la robustesse de RMixmod (package de classification par modèles de mélanges) en cas de chevauchement de classes - Florent Langrognet, Laboratoire de Mathématiques |
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17:15 - 18:00
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jsonlite et mongolite - Jeroen Ooms |
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18:00 - 18:20
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Poster |
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| 18:00 - 18:20 |
› An experimental assessment of the "Gibbs-Energy and Empirical-Variance" estimating equations (via Kalman smoothing) for Matérn processes - Didier Girard, Laboratoire Jean Kuntzman |
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| 18:00 - 18:20 |
› Bayesian Analysis of Connectivity in Macaque Cerebral Cortex using JAGS and Stan - Artemis Toumazi, Inserm U846, Stem Cell and Brain Research Institute |
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| 18:00 - 18:20 |
› Computational optimisation for mixOmics, the R package dedicated to 'omics' data integration - FRANÇOIS BARTOLO, Institut de Mathématiques de Toulouse |
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| 18:00 - 18:20 |
› Identifier des biomarqueurs en métagénomique quantitative : la promesse du Big Data - Magali Berland, INRA |
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| 18:00 - 18:20 |
› Maximum likelihood conjoint measurement: From GLM to GAM - Kenneth Knoblauch, Stem Cell and Brain Research Institute |
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| 18:00 - 18:20 |
› Packages R pour la détection d'observations atypiques multivariées. - Aurore Archimbaud, Groupe de recherche en économie mathématique et quantitative |
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| Heures |
événement |
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08:30 - 09:00
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Accueil - Accueil des participants pour le vendredi |
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09:00 - 09:45
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De la concision à l’efficacité, le cauchemar d’un informaticien - Floreal Morandat |
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09:45 - 10:45
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Big data |
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| 09:45 - 10:05 |
› BIG-SIR a Sliced Inverse Regression Approach for Massive Data - Benoit Liquet, School of Mathematics and Physics |
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| 10:05 - 10:25 |
› PARConnector : sans détour du Langage R au Cloud Big Data - Application à l'analyse Metagenomique |
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| 10:25 - 10:45 |
› Rtkpp: Un package pour faire l'interface entre R et la bibliothèque STK++ - Serge Iovleff, UMR 8524 |
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10:45 - 11:15
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Pause café |
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11:15 - 12:15
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Divers |
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| 11:15 - 11:35 |
› Reporting automatisé avec ReporteRs et rtable - David Gohel, Société Lysis |
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| 11:35 - 11:55 |
› The Rsocialdata.network extension: Handling and analysing egocentric network survey data in R - Emmanuel Rousseaux, Institute of Information and Service Science, Institute for Demographic and Life Course Studies, PRN LIVES |
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| 11:55 - 12:15 |
› «MTK» : un package pour unifier les démarches d'exploration numérique de modèles - Juhui WANG, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement |
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11:15 - 12:15
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Classification |
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| 11:15 - 11:35 |
› ClustInvest : outils pour l'analyse et l'interprétation de classifications nonsupervisées avec variables binaires. Application à des données d'accidents de décompression - Gérard Grégoire, Laboratoire Jean Kuntzmann - Jean-Pierre Imbert, Société Divetech |
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| 11:35 - 11:55 |
› Paquet R pour l'estimation d'un mélange de lois de Student multivariées à échelles multiples. - Alexis Arnaud, MISTIS |
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| 11:55 - 12:15 |
› Le package ClustGeo : Classification ascendante hiérarchique avec contraintes de proximité géographique - Amaury Labenne, IRSTEA. UR ETBX |
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12:15 - 13:30
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Déjeuner |
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13:30 - 14:15
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Représentation et traitement de l'information géographique avec R - Timothee Giraud |
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14:15 - 14:55
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Classification fonctionnelle |
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| 14:15 - 14:35 |
› funFEM: an R package for functional data clustering - Charles Bouveyron, Mathématiques appliquées Paris 5 - Julien Jacques, Entrepôts, Représentation et Ingénierie des Connaissances |
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| 14:35 - 14:55 |
› kmlShape : un algorithme de partitionnement des données longitudinales basé sur la forme des trajectoires - Christophe Genolini, UMR 1027, INSERM, Université Paul Sabatier, Toulouse III, France, CeRSM (EA 2931), UFR STAPS, Université de Paris Ouest-Nanterre-La Défense, France |
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14:55 - 15:35
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Big data |
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| 14:55 - 15:15 |
› MRIaggr : un package pour la gestion et le traitement de données multivariées d'imagerie - Brice OZENNE, Hospices Civils de Lyon / Centre hospitalier Lyon Sud, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive |
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| 15:15 - 15:35 |
› LEA : un package R pour la génomique des populations - Olivier Francois, TIMC-IMAG laboratory |
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15:35 - 15:45
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Clôture - Clôture des 4èmes Rencontres R |
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