Programme

mercredi 24 juin 2015

Heures événement  
13:00 - 13:30 Accueil tutoriels - Accueil des tutoriels  
13:30 - 16:30 Tutoriels -
  • Introduction à RCpp (Romain François)
  • Introduction à la programmation orientée objet (Christophe Genolini)
 
17:00 - 19:30 Table ronde - Utilisation du R dans le monde industriel  
19:30 - 21:00 Pot d'accueil - Pot d'accueil  

jeudi 25 juin 2015

Heures événement  
08:00 - 09:00 Accueil - Accueil des participants avec café de bienvenu  
09:00 - 09:45 R, Data Science... et Formation - Erwann Le Pennec  
09:45 - 10:45 Visualisation  
09:45 - 10:05 › Graphiques interactifs en analyse de données avec Factoshiny - François Husson, Laboratoire de Mathématiques Appliquées - Agrocampus Rennes  
10:05 - 10:25 › visNetwork : création et visualisation intéractives de réseaux - Benoit Thieurmel, DataKnowledge  
10:25 - 10:45 › Classification et visualisation de graphes avec SOMbrero - Madalina Olteanu, SAMM (Statistique, Analyse et Modélisation Multidisciplinaire), EA4543  
10:45 - 11:15 Pause café  
11:15 - 12:15 Application  
11:15 - 11:35 › Un package R pour modéliser la survie en tenant compte des effets centres et des risques compétitifs - Marie DE ANTONIO, Centre de Recherche des Cordeliers  
11:35 - 11:55 › Une étude de cas en biomécanique avec la fonction lme de R pour modéliser des structures complexes d'effets aléatoires et de matrice de variance-covariance des erreurs - Frédérique Letué, Laboratoire Jean Kuntzmann  
11:55 - 12:15 › A General Method to map Single-cell Probabilistic Trait Loci of the Genome - Florent Chuffart, Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule  
11:15 - 12:15 Modélisation  
11:15 - 11:35 › An extension to generalized pairwise comparisons for prioritized outcomes with censoring - Julien Péron, Hospices Civils de Lyon / Centre hospitalier Lyon Sud, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive  
11:35 - 11:55 › abc : un paquetage R pour le calcul bayésien approché - Michael Gb Blum, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble  
11:55 - 12:15 › ibr: un paquet R pour la réduction itérative de biais - Eric Matzner-Lober, Laboratoire de Mathématiques Appliquées - Agrocampus Rennes - Pierre-André Cornillon, Département MASS  
12:15 - 14:00 Déjeuner  
14:00 - 14:45 Statistique spatiale - Thibaut Laurent  
14:45 - 15:45 Lightning talk  
14:45 - 15:45 › Compétitions d'apprentissage automatique avec le package rchallenge - robin genuer, Institut de Santé Publique, d'Epidémiologie et de Développement, SISTM  
14:45 - 15:45 › Datacamp : Apprendre R, en faisant du R, dans R...et en français. - Vincent Guyader, ThinkR  
14:45 - 15:45 › FreeSortR : un package pour l'analyse de données de tri libre. - Philippe Courcoux, Unité de Sensométrie et Chimiométrie  
14:45 - 15:45 › L'histoire en miettes : analyse de graphes avec R pour l'étude de la fragmentation des objets archéologiques - Sébastien Plutniak, Centre d'étude des rationalités et des savoirs – équipe du LISST  
14:45 - 15:45 › Modèles de mutations : étude probabiliste et estimation paramétrique - Adrien MAZOYER, Laboratoire Jean Kuntzmann  
14:45 - 15:45 › SARTools : un pipeline complet pour l'analyse différentielle de données RNA-Seq - Hugo Varet, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative  
14:45 - 15:45 › Validation de données en phénotypage végétal - Antoine Schorgen, INRA  
15:45 - 16:15 Pause café  
16:15 - 17:15 Classification  
16:15 - 16:35 › Clustering divisif monothétique. La package divclust - Marie Chavent, CQFD  
16:35 - 16:55 › Classification de variables avec possibilité de mettre à l'écart des variables atypiques ou de bruit. Implémentation dans le package ClustVarLV. - Evelyne Vigneau, Oniris, Unité de Sensométrie et Chimiométrie  
16:55 - 17:15 › Etude de la robustesse de RMixmod (package de classification par modèles de mélanges) en cas de chevauchement de classes - Florent Langrognet, Laboratoire de Mathématiques  
17:15 - 18:00 jsonlite et mongolite - Jeroen Ooms  
18:00 - 18:20 Poster  
18:00 - 18:20 › An experimental assessment of the "Gibbs-Energy and Empirical-Variance" estimating equations (via Kalman smoothing) for Matérn processes - Didier Girard, Laboratoire Jean Kuntzman  
18:00 - 18:20 › Bayesian Analysis of Connectivity in Macaque Cerebral Cortex using JAGS and Stan - Artemis Toumazi, Inserm U846, Stem Cell and Brain Research Institute  
18:00 - 18:20 › Computational optimisation for mixOmics, the R package dedicated to 'omics' data integration - FRANÇOIS BARTOLO, Institut de Mathématiques de Toulouse  
18:00 - 18:20 › Identifier des biomarqueurs en métagénomique quantitative : la promesse du Big Data - Magali Berland, INRA  
18:00 - 18:20 › Maximum likelihood conjoint measurement: From GLM to GAM - Kenneth Knoblauch, Stem Cell and Brain Research Institute  
18:00 - 18:20 › Packages R pour la détection d'observations atypiques multivariées. - Aurore Archimbaud, Groupe de recherche en économie mathématique et quantitative  

vendredi 26 juin 2015

Heures événement  
08:30 - 09:00 Accueil - Accueil des participants pour le vendredi  
09:00 - 09:45 De la concision à l’efficacité, le cauchemar d’un informaticien - Floreal Morandat  
09:45 - 10:45 Big data  
09:45 - 10:05 › BIG-SIR a Sliced Inverse Regression Approach for Massive Data - Benoit Liquet, School of Mathematics and Physics  
10:05 - 10:25 › PARConnector : sans détour du Langage R au Cloud Big Data - Application à l'analyse Metagenomique  
10:25 - 10:45 › Rtkpp: Un package pour faire l'interface entre R et la bibliothèque STK++ - Serge Iovleff, UMR 8524  
10:45 - 11:15 Pause café  
11:15 - 12:15 Divers  
11:15 - 11:35 › Reporting automatisé avec ReporteRs et rtable - David Gohel, Société Lysis  
11:35 - 11:55 › The Rsocialdata.network extension: Handling and analysing egocentric network survey data in R - Emmanuel Rousseaux, Institute of Information and Service Science, Institute for Demographic and Life Course Studies, PRN LIVES  
11:55 - 12:15 › «MTK» : un package pour unifier les démarches d'exploration numérique de modèles - Juhui WANG, Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement  
11:15 - 12:15 Classification  
11:15 - 11:35 › ClustInvest : outils pour l'analyse et l'interprétation de classifications nonsupervisées avec variables binaires. Application à des données d'accidents de décompression - Gérard Grégoire, Laboratoire Jean Kuntzmann - Jean-Pierre Imbert, Société Divetech  
11:35 - 11:55 › Paquet R pour l'estimation d'un mélange de lois de Student multivariées à échelles multiples. - Alexis Arnaud, MISTIS  
11:55 - 12:15 › Le package ClustGeo : Classification ascendante hiérarchique avec contraintes de proximité géographique - Amaury Labenne, IRSTEA. UR ETBX  
12:15 - 13:30 Déjeuner  
13:30 - 14:15 Représentation et traitement de l'information géographique avec R - Timothee Giraud  
14:15 - 14:55 Classification fonctionnelle  
14:15 - 14:35 › funFEM: an R package for functional data clustering - Charles Bouveyron, Mathématiques appliquées Paris 5 - Julien Jacques, Entrepôts, Représentation et Ingénierie des Connaissances  
14:35 - 14:55 › kmlShape : un algorithme de partitionnement des données longitudinales basé sur la forme des trajectoires - Christophe Genolini, UMR 1027, INSERM, Université Paul Sabatier, Toulouse III, France, CeRSM (EA 2931), UFR STAPS, Université de Paris Ouest-Nanterre-La Défense, France  
14:55 - 15:35 Big data  
14:55 - 15:15 › MRIaggr : un package pour la gestion et le traitement de données multivariées d'imagerie - Brice OZENNE, Hospices Civils de Lyon / Centre hospitalier Lyon Sud, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive  
15:15 - 15:35 › LEA : un package R pour la génomique des populations - Olivier Francois, TIMC-IMAG laboratory  
15:35 - 15:45 Clôture - Clôture des 4èmes Rencontres R  
  
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